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关键词：
液相色谱-串联质谱,母离子排除列表,串联质谱数据采集
发表时间：
2011-06-29 16:56:17
基于母离子排除的串联质谱数据采集方法的研究
王维嘉 | -> | 1952| 4| 0.593538MB |液相色谱-串联质谱,母离子排除列表,串联质谱数据采集
摘 要 生物样本中的蛋白质复杂程度很高,尚无一种分析方法能够全面分析复杂生物样本中的所有蛋白质。实验证明:重复的质谱分析能增加蛋白质的鉴定数量,但鉴定到的蛋白质冗余度很高,高丰度肽段被反复检出。为了降低鉴定冗余度,提高鉴定效率,对线性离子阱2傅立叶变换离子回旋共振质谱仪的串联质谱采集方法进行了研究,建立了基于母离子排除的串联质谱采集方法。此方法能极大降低二级质谱采集的冗余度,提高蛋白质的鉴定效率。关键词 液相色谱2串联质谱;母离子排除列表;串联质谱数据采集蛋白质组采用高通量的蛋白质组学技术研究生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质,从而获得对生物体生理、病理等过程的全面认识[1]。这种研究策略依赖于强大的分离和鉴定技术手段[2,3]。常用的22DE分离和质谱鉴定联用技术能实现对几千种蛋白的分离分析[4,5]。但由于其有限的动态范围[6]、对极端蛋白歧视等因素[7],限制了该方法的进一步发展。随着液质联用技术的发展,基于多维液相色谱2串联质谱联用的Shotgun技术迅速发展[8,9],并广泛应用于蛋白质表达谱、修饰谱等的研究[10]。随着质谱仪以及质谱分析技术的发展,串联质谱的数据采集效率得到了提高,例如线性离子阱增加了采集到的二级质谱(MS/MS)图谱数。液质联用质谱仪采用了智能化的数据采集模式,利用动态排除技术能对一些低丰度离子进行多级质谱分析[11,12]。虽然这些技术能增加肽段的鉴定数,但随着待测生物样本复杂程度的增加,串联质谱在有限的扫描时间内无法分析所有共洗脱肽段,质谱分析时的离子抑制效应也越来越显著[13],导致无法检测许多肽段。为提高蛋白的鉴定效率,采用多次重复LC2MS实验提高低丰度蛋白的鉴定率[14]。虽然该方法在一定程度上能有效增加蛋白质鉴定数量,但冗余度很高,高丰度蛋白被重复鉴定。有研究利用离子排除列表[15],在MALDI2TOF2TOF的分析中将一些已经鉴定过的肽段列入排除列表,提高低丰度离子的鉴定率。本研究以酵母蛋白酶切肽段为样本,利用高准确度的线性离子阱2傅立叶变换离子回旋共振质谱(LTQ2FT),采用母离子排除方式进行串联质谱采集。结果表明,这种采集方法能成功排除已经鉴定过的肽段,避免了高丰度蛋白的重复鉴定,降低了重复实验的冗余度,提高了质谱的鉴定效率。电喷雾2线性离子阱2傅立叶变换离子回旋共振质谱仪(ESI2LTQ2FTICR2MS,ThermoFinnigan公司),毛细管色谱由安捷伦1100系统控制。乙腈(色谱纯,美国JTBaker公司);电泳试剂(GE公司)。
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