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关键词：
二 英类物质,活性污泥,施泥土壤,毒性当量,高分辨气质联用仪
发表时间：
2012-08-20 17:29:10
摘要: 通过比较RNA 产量、纯度、降解程度、特定基因的扩增能力、微生物多样性等评价指标, 考察和探讨了5 种不同RNA 提取方法对活性污泥总RNA 提取效果的影响并最终建立了一种快速、有效的活性污泥RNA 提取方法, 即在TENP 和PBS 洗涤沉淀污泥的基础上, 分别采用溶菌酶和TRIzol 裂解活性污泥细菌、氯仿去除细菌裂解液中的蛋白和大部分DNA、异丙醇沉淀核酸和DNase I 水解残留DNA 后, 最后进一步用离心柱纯化RNA. 结果表明, 这种方法可以有效提取高质量的菌群RNA, 不仅提取的RNA 总量多( 每g 污泥可提取16916 Lg RNA) 、纯度高、降解程度低、完整性好、具有丰富的生物多样性, 而且可同时进行16SrRNA 和amoA 基因的RT- PCR 扩增反应; 与其它方法相比, 性价比高, 具有明显的优越性, 适用于活性污泥RNA 的大量提取, 同时,T-RFLP结果证明RNA 提取方法对分析样品的微生物种类和丰度分析结果影响较大, 不同的RNA 提取方法所获得的微生物群落基因多样性及其种类、丰度均不同. 本研究建立了一种快速、有效的高质量RNA 提取方法, 将在监测活性污泥菌群动态变化、菌群代谢功能学、微生物群落芯片等研究上具有重要意义.
活性污泥群落芯片是一种基于系统寡核苷酸芯片而发展起来的新型基因芯片, 它由活性污泥代表细菌的特异性探针所组成, 通过分析不同活性污泥样品与群落芯片的杂交信号变化, 获得菌群变化的详细情况从而了解菌群分布与污泥功能之间的关系[ 1] . 其中, 为了及时监测和反映活性污泥菌群种类的动态变化, 必须获得高质量的活性污泥RNA. 但由于活性污泥具有高度的生物多样性且成分极其复杂, 不仅含有重金属、腐殖酸等有机污染物, 还存在大量核糖核酸酶( RNase) , 因此从活性污泥中提取RNA 存在一定难度. 目前已报道的环境样品RNA 提取方法主要是针对土壤、沉积物等[2~ 9] , 而活性污泥与这些环境样品的特性不同, 不仅生物量大, 而且存
在菌胶团, 因此这些方法并不太适用成分复杂的活性污泥. 虽然目前也有少量活性污泥RNA 提取方法的研究, 但操作仍然相对复杂或使用特殊的珠磨仪器[ 10, 11]. 另外, 不同的提取方法获得的微生物群落基因多样性及其种类、丰度均不同[ 12~ 14] , 因此必须建立一种快速而有效、全面反映微生物多样性的活性污泥RNA 提取方法. 本研究采用不同原理破壁、不同方式纯化RNA 的细菌RNA 提取试剂盒或已报道方法, 对活性污泥RNA 提取方法进行了探讨, 以期为今后了解菌群分布与污泥功能关系并建立反映活性污泥菌群变化的活性污泥群落芯片研究奠定可靠的基础.
在菌胶团, 因此这些方法并不太适用成分复杂的活性污泥. 虽然目前也有少量活性污泥RNA 提取方法的研究, 但操作仍然相对复杂或使用特殊的珠磨仪器[ 10, 11]. 另外, 不同的提取方法获得的微生物群落基因多样性及其种类、丰度均不同[ 12~ 14] , 因此必须建立一种快速而有效、全面反映微生物多样性的活性污泥RNA 提取方法. 本研究采用不同原理破壁、不同方式纯化RNA 的细菌RNA 提取试剂盒或已报道方法, 对活性污泥RNA 提取方法进行了探讨, 以期为今后了解菌群分布与污泥功能关系并建立反映活性污泥菌群变化的活性污泥群落芯片研究奠定可靠的基础.
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