结合分子模拟和网络方法分析_2肾上腺素受体激活过程的构象变化_肖秀婵
宋丹杨 | -> | 392| 0| 0.651905MB |az肾上腺素受体;激活过程;构象变化;靶向分子动力学模拟;蛋白质网络;关键残基
平均结构,并不能完全代表其发挥功效的构象,因此对蛋白质构象变化的分析己成为蛋白质结构功能研
究的一个重要发展趋势[Cilo Lanucara等Czl利用离子迁移质谱解析蛋白质的构象变化动力学,为人们理
解其功能提供了蛋白质柔性和折叠机制的构象信息;Burmann等C37将高分辨率NMR用于大肠杆菌探针
与配体作用的构象变化动力学研究。此外,Kahsai等[#]提出了结合同位素标记和质谱法研究蛋白质构
象变化的分析方法,并用该方法成功揭示了一种重要靶标蛋白受药物配体诱导所引起的激活功能的构
象变化。上述工作清楚地展示了仪器分析方法用于蛋白质构象分析的发展新趋势,以及构象解析对一
些新分析方法的需求。
G蛋白偶联受体(GPCRs)是最大的膜蛋白家族和药物靶标之一,由7个跨膜螺旋构成,在信号传导
过程中具有重要作用,是药物研发中主要靶标蛋白,目前市场上30%的药物是以GPCR、为靶标[[5]
GPCRs主要是通过从非活性态到活性态的激活来发挥其信号功能,在其激活过程中,伴随着明显的构
象变化,因此,对激活过程中构象变化的了解是阐明GPCRs激活机制这一信号功能的关键。然而,对于
膜蛋白的解析难度导致GPCRs高分辨率晶体结构实验缺乏,更加限制了其激活过程中构象变化的分
析。因此,有必要引入一些先进的其它学科技术,协助实验解析其构象变化的结构信息。
分子动力学方法可以模拟出物质在原子尺度上的结构和动力学行为的时间变化过程,因此己成为
辅助实验研究蛋白质动态结构(构象)变化的一种有效方法[o, o。实验研究己揭示GPCR、激活过程时
间在ms}、级[[A],现有的计算机能力还难于采用平衡的分子动力学方法获取GPCR的激活过程。靶向
分子动力学模拟(TMD)是一种非平衡的分子动力学模拟,可以借助外力加速蛋白质从初始结构到目标
结构的构象变化,在有限的时间内能获取蛋白质功能过程中构象变化空间,己成功应用于一些涉及大的
构象变化的蛋白质结构性能的研究中[C9, io7。此外,分子动力学模拟轨迹中包含了众多构象,如何对这些
大量构象进行有效的分析,以获取其重要的关键区域及通路是解析与功能相关的构象变化的关键。
复杂网络方法可以利用网络的原理通过对节点网络特征值和边的分析给出体系中信号变化的重要
信息,蛋白质网络就是采用复杂网络方法对蛋白质拓扑结构进行分析,其中以氨基酸为顶点,以氨基酸
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关键词: 聚合离子液体;石墨烯;固相萃取;有机磷农药 发表时间: 2017-02-07 11:47:20
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关键词: 巨磁阻效应;微流体免疫传感器;D=聚体;磁颗粒 发表时间: 2017-02-07 11:46:44
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关键词: 邻苯二甲酸二甲酷;化学发光酶兔疫分析;白酒;酱油 发表时间: 2017-02-07 11:46:06
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关键词: 偶氮苯衍生物;分子探针;传感芯片;生物分析;光开关;分子识别;综述 发表时间: 2017-02-07 11:45:25
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关键词: 固定化离子液体;固相萃取;离子液体碳糊电极;双酚A;电化学检测 发表时间: 2017-02-07 11:44:45
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关键词: 伏马毒素;阴离子固相萃取柱;液相色谱州卜联质谱法;畜禽配合饲料 发表时间: 2017-02-07 11:38:26